Органами управления ПАО «Аптечная сеть 36,6» являются Общее собрание акционеров, Совет директоров и Единоличный исполнительный орган (Генеральный директор). Необходимое содействие Совету директоров и Генеральному директору оказывает Служба внутреннего аудита. Цели и задачи Службы, ее состав и компетенции регулируются «Положением о службе внутреннего аудита ПАО «Аптечная сеть 36,6» .